滤泡性结膜炎的治疗方法有药物治疗、手术治疗、中医治疗、其他治疗，患者应严格遵医嘱进行，以免出现其他不良反应。
一、药物治疗
1、更昔洛韦滴眼液：主要用于治疗病毒感染引起的结膜炎。不良反应有轻度眼睑水肿、结膜充血、疼痛和烧灼感等症状，对更昔洛韦过敏者禁用。
2、左氧氟沙星滴眼液：属于一种光谱抗生素滴眼液，适合于细菌感染引起的结膜炎。不良反应主要是过敏反应，如红肿、瘙痒等，孕妇及哺乳期妇女慎用，对左氧氟沙星或喹诺酮类药物过敏者禁用。
3、典必殊滴眼液：适合于因免疫因素引起的结膜炎，如春季结膜炎、泡性结膜炎等，有助于控制炎症，常见的不良反应有眼压增加。
4、阿莫西林：适用于全身感染比较严重的患者，常见的不良反应有皮疹、过敏性休克等，对青霉素过敏者禁用。
二、手术治疗
对于一些形成假膜的患者，可考虑假膜刮除术。
三、中医治疗
可选用一些抗病毒的中成药制剂，如板蓝根颗粒、连花清瘟胶囊、鱼腥草口服液等，这些药物可抑制病毒的复制、缩短疾病的病程。
四、其他治疗
1、对于发热病人，可以给予物理降温。
2、淋巴结肿大者，可以给予局部理疗消肿。
