抗弹性蛋白酶抗体阳性的治疗根据其原发病不同，也有所不同，具体如下。

1、系统性红斑狼疮：主要用药物治疗，目标是缓解病情，解除痛苦；防止脏器损伤；防止感染或其他并发症；指导患者生活，防止病情复发。常用药品主要包括糖皮质激素、抗疟药、免疫抑制剂等，对于皮损的处理可涂抹外用药物。

2、原发性胆汁性肝硬化：熊去氧胆酸是目前唯一有效治疗原发性胆汁性肝硬化的药物。它能改善血清ALP、GCT、胆红素等肝功能指标，延缓早期患者的组织学进展，预防食管胃静脉曲张。另外应采取对症治疗，针对皮肤瘙痒者，可使用考来烯胺；骨质疏松者可补充钙及维生素D，如阿仑膦酸盐；降钙素可用于治疗骨痛者。

3、硬化性胆管炎：目前针对该病的治疗没有特异或有效的方法，治疗可用球囊扩张、用药治疗如免疫抑制剂、抗纤维化、利胆药等。对于终末期原发性硬化性胆管炎患者，可以进行肝移植挽救生命。

4、类风湿关节炎：以药物治疗为主，活动期以镇痛解热药物为主，辅以抗风湿药物。如果经过严格规范药物治疗后效果欠佳，患者出现关节畸形等情况，也可考虑手术治疗。

5、溃疡性结肠炎：治疗以控制急性发作，维持缓解，减少复发，防治并发症为原则。主要目标是诱导并维持临床缓解以及黏膜愈合，临床常用药物有抗炎药、肾上腺皮质激素、止泻药等。如出现严重并发症，有手术适应证的患者，则需要行外科手术治疗。