如果肾囊肿不干扰肾脏功能且无症状，通常不建议治疗，但是应定期进行影像学检查，以评估肾脏大小的任何变化。如果囊肿直径超过5cm或伴随不适症状反应，可能需要及时治疗，治疗方式包括药物治疗、手术治疗等。
一、药物治疗
盐酸仑氨西林片、头孢泊肟酯片作为广谱性抗生素可以起到抗菌消炎作用，配合对乙酰氨基酚片、热淋清颗粒等类型药物进行联合用药，可缓解病症引起的不适症状，并加速泌尿炎症疾病的恢复。
二、手术治疗
1、囊肿引流术：将医用针头插入皮肤和囊肿中刺穿肾囊肿，然后借助针头将囊肿中的液体排出。随即向病发部位注射硬化剂以防止复发，也称为硬化疗法。但此种手术现在已基本停用。
2、腹腔镜囊肿去顶术：囊肿切除术是利用内窥镜在皮肤上的小切口插入，借助安装在手术室中的视频监视器将手术工具引导至囊肿。小心地排出囊肿中的液体后，并对囊肿壁进行切除或灼伤处理。
