便秘的分类按有无器质性病变，可分为器质性和功能性便秘，按病程起病方式可分为急性和慢性便秘，一般认为便秘时间大于12周为慢性便秘。由于病因的不同，便秘的发病机制也有所不同，具体如下：
1、结肠、肛门疾病，先天性疾病如先天性巨结肠，肠腔狭窄如炎症性肠病，外伤后期及肠吻合口术后的狭窄，肿瘤及其转移所致肠狭窄，出口性梗阻，如盆底失弛缓症、直肠内折叠、会阴下降、直肠前突等。肛管及肛周疾病，如肛裂、痔疮等，其他如肠易激综合征；
2、肠外疾病、神经与精神疾病，如脑梗死、脑萎缩、截瘫、抑郁症、厌食症等。内分泌与代谢病如甲状腺功能低下、糖尿病、铅中毒、维生素B1缺乏，盆腔病如子宫内膜异位症等，药源性疾病如刺激性泻药酚酞、大黄、番泻叶，长期大量服用可引起继发性便秘，抗胆碱药、钙通道阻滞剂、麻醉药、抗抑郁药等可引起肠应激下降；
3、不良生活习惯，食量过少、食物精细、食物热量过高、蔬菜或水果摄入少、饮水少，会对肠道刺激不足，运动少、久坐、卧床可使肠动力减弱，以及不良的排便习惯；
4、社会与心理因素，人际关系紧张、家庭不和睦、心情长期处于压抑状态，都可使自主神经紊乱，引起肠蠕动抑制或亢进，以及生活规律改变，如外出旅游、住院、突发事件的影响，都可导致排便规律改变。
