首先是呼吸困难，多发生于术后48小时以内，常见的原因是创面出血、喉头水肿、塌陷、双侧喉返神经损伤，患者出现进行性呼吸困难、紫绀，甚至窒息，需要立即进行床边抢救，开缝线，敞开切口，去除血肿，必要时气管切开，情况好转以后送手术室进一步处理，另外一个并发症是喉返神经损伤，双侧损伤导致失音，严重的呼吸困难，甚至窒息，需要立即做气管切开，单侧损伤引起声音嘶哑，喉返神经被切断，缝扎引起永久性损伤，有挫夹、牵拉、水肿压迫会造成暂时性损伤，经过理疗功能锻炼，一般在半个月左右逐步恢复。
喉上神经损伤的外支损伤使得环甲肌麻痹、声带松弛，引起音调降低，内支损伤使得喉部黏膜感觉丧失，容易发生误咽、呛咳。甲状亢腺可以出现术后并发症损伤，多在术后1-3天出现颜面麻木、手足搐搦和糖钙降低，可以通过补钙缓解症状，症状严重或长期不能恢复，需要补充钙和维生素D治疗。
甲状腺功能减退术后两周之内，因为手术刺激甲状腺释放甲状腺激素入血，常不能表现出甲状腺功能减退，而2-3周以后激素水平趋于稳定。如果残留的甲状腺量过少，会发生甲状腺功能减退，最早反映在促甲状腺激素水平升高，严重会出现精神萎靡、反应淡漠、畏寒等甲减的症状，根据甲状腺激素的水平，进行甲状腺激素替代治疗。甲亢危象也是属于术后并发症，多见于术前准备不佳的患者，多发生于术后12-36小时，表现高热、术后心动过速、大汗淋漓、烦躁、谵妄、昏迷，出现恶心、呕吐等消化道症状，严重的危及生命。治疗一方面给予碘剂、抗甲状腺的药物，另一方面要保证足够的能量和氧气供应，进行降温，对症治疗并给予大量的糖皮质激素。
