新生儿对牛奶蛋白过敏的症状主要是腹泻，粪便呈水样、稀便，如病变累及结肠可出现血便，血便一般是血丝便，还可以有呕吐，急性发作的患儿腹泻可出现在摄入食物后2-6小时内，严重者可出现脱水、低血压、嗜睡，甚至休克。慢性发作患儿可表现为慢性的腹泻、呕吐、易激惹、腹胀、吸收障碍、生长发育迟缓、低蛋白血症等。
小婴儿的临床表现与食物蛋白诱导的肠病类似，这个病是由于牛奶中的某些蛋白质分子在肠道中未经充分消化裂解，进入肠黏膜组织引起的免疫反应，牛奶中含有五种蛋白质，其中β-乳球蛋白抗原最强，应用免疫生化法对本病的患儿血清中各种抗牛奶蛋白沉淀素检测，以β-乳球蛋白抗体的检出率最高，牛奶蛋白过敏可影响多个器官系统，而出现肠道皮肤呼吸道的症状。