胃窦黏膜下隆起，不一定是间质瘤。经常会碰到如体检，或有上消化道不舒服时进行胃镜检查，胃镜报告有时会写胃窦黏膜下有较小隆起。胃窦为胃部远端，胃窦部位隆起，间质瘤可能性较大，亦可是平滑肌隆起，即平滑肌瘤，以及黄色素瘤等。
有时隆起需分辨来源于胃壁何层，需要进行超声胃镜检查。所以这种情况下，有时医生建议进行超声胃镜检查，鉴别隆起来源。超声胃镜更进一步帮助鉴别后，即可说明高度怀疑何种情况，高度怀疑是间质瘤，还是高度怀疑其他问题。
最重要且最能明确诊断的是病理，如胃窦黏膜下隆起较大，需要手术切除，切除后进行病检，才能明确疾病。
