不同的非结核分枝杆菌主要侵犯肺部，不同的菌种好发部位不同，临床表现也不相同：

1、非结核分枝杆菌肺病，病变多累及肺上叶尖段或前段，以中老年男性多见，临床表现类似肺结核病、咯血。患者常有慢性阻塞性肺疾病，支气管扩张或其它慢性肺部疾病。胸片显示炎性病灶及单发和多发薄壁空洞、纤维硬结灶、球形病灶、及胸膜渗出相对少见，病变多累及肺上叶尖段或前段；

2、非结核分枝杆菌淋巴结炎，以颈部淋巴结最常见，亦可累及耳部、腹股沟、腋下淋巴结。多为单侧无痛性淋巴结肿大，常有瘘管形成；

3、非结核分枝杆菌皮肤软组织病变，骨膜、滑膜、腱鞘、关节、手深部和腰椎也可受累形成病变，甚至产生化脓性关节炎。

4、非结核分枝杆菌病可侵犯身体任何一个内脏器官，多见于AIDS和其它原因的严重免疫抑制患者。临床表现为播散性骨病、肝病、心内膜炎、心包炎和脑膜炎、泌尿生殖系统疾病、中耳炎等。