肠镜检查时，如果肠道准备欠佳，肠镜可能观察到粪便。但是如果肠镜检查，发现成型粪便、粪渣或者粪水，覆盖于结肠黏膜表面，都会影响肠镜观察。有时粪便或者粪水的含量较多，肠镜可能难以进镜。即使勉强进镜至肠道末端，由于大量粪水残留于肠腔内，肠道清洁度较差，可能严重影响对结肠黏膜病变的观察，容易漏掉病变。在临床上存在这类真实体验，如果肠道准备较差，粪便或者粪水残留过多，即使病变较大，可能也无法发现，病变淹没于粪便中。需要肠道完全清洁干净，才能在同一部位更好发现病变。
所以进行肠镜检查，检查医生通常希望，受检者都做好充分的肠道清洁准备。只有良好的肠道准备，才能使得肠镜检查，能够清晰地观察到结肠的黏膜，以免遗漏病变。所以进行肠镜可能发现粪便，但是医生并不希望发现，因为意味着肠道准备欠佳，可能会影响对病变的观察和治疗。
