又便秘又腹泻往往会出现在结肠功能紊乱中，由于动力减弱造成排便困难，而腹泻是由于动力增强导致排便次数增多，所以在治疗上存在冲突。对于此类患者，医生应尽量避免使用止泻药或通便药，而可以使用双向调节的药物，即对腹泻与便秘均存在治疗作用的药物。另外，患者还可服用益生菌以改善肠道菌群，使肠道的功能紊乱得以恢复，便秘与腹泻交替的情况也会得到好转。
此外，患者也可以使用温和的通便药物，如膳食纤维，患者使用后可能不会加重腹泻，若使用后出现腹胀或腹泻再减量或停用。部分情况下结肠功能紊乱是由于社会、精神因素引起，此时患者也会用到神经调节剂，如抗焦虑、抑郁的药物，对便秘及腹泻也存在作用。患者在用药时应及时与医生保持沟通，因为此类药物也存在腹泻或便秘的副作用，若在用药后出现类似症状，则需及时调整以规避风险。
