如果是较小的卵巢巧克力囊肿或者患者没有症状，则可以进行观察，不一定需要处理。如果出现痛经症状，可以给予止痛等对症处理。如果是体积比较大，直径超过5cm的囊肿，伴有继发性痛经，症状比较严重，需要给予手术。
如果不能明确一定是巧克力囊肿，不能明确它的性质，也需要给予手术治疗。手术方法是个体化的治疗，即需要根据患者的具体情况选择，可以行囊肿剥除、保留卵巢。如果是年龄大、没有生育要求的女性，囊肿体积比较大，可以行卵巢切除。
卵巢巧克力囊肿，在医学上被称为子宫内膜囊肿，是子宫内膜异位到卵巢形成的囊肿，因为囊液呈暗褐色、黏稠状，类似于巧克力，因此俗称为巧克力囊肿。卵巢巧克力囊肿有可能存在症状，比如继发性痛经，或者月经失调、不孕症等。
