卵巢巧克力囊肿在医学上称为子宫内膜异位囊肿，子宫腔内被覆着一层内黏膜组织，称为子宫内膜，如果子宫内膜异位到卵巢上，则称为子宫内膜异位。正常的子宫内膜在性激素的周期作用下会发生周期性剥脱性、出血，称为月经来潮。
同样的在激素周期性的作用下，异位在卵巢上面的子宫内膜也会发生周期性剥脱性、出血，久而久之就会形成子宫内膜异位囊肿。因为囊内表现为稠厚、褐色的液体，类似于巧克力，因此其俗称为巧克力囊肿。存在巧克力囊肿的患者需要根据囊肿的具体情况，包括囊肿大小、是否存在痛经症状、是否存在月经改变进行综合评估，从而进行明确的处理。
