肥厚型心肌病和扩张型心肌病不同，肥厚型心肌病是一种遗传性心肌病，扩张型心肌病是一种多因素疾病，可能病人原来患有心肌炎，如病毒性、代谢性或酒精性心肌炎，或其他全身免疫性因素，最终引起心肌病变。

肥厚型心肌病是遗传性疾病，主要改变是心肌逐渐肥厚增大，最终引起心室壁肥厚，心脏收缩时或舒张时受到一定限制，如果病人合并梗阻，称为肥厚梗阻性心肌病。心脏收缩时，左心室流出道变窄，病人流出道变窄后供血减少，引起症状比如头晕、晕厥、黑蒙。甚至在病人运动时，机体血供需要量增加，流出道血流减少，这时严重不平衡，最终导致猝死，所以肥厚型心肌病是青年人或运动时猝死较常见原因。扩张型心肌病是多因素疾病，最终会导致心脏的心肌细胞凋亡、坏死，使室壁变薄，心脏收缩功能下降，心脏逐渐扩大，心功能逐渐下降。病人主要表现是活动耐力下降，会出现呼吸困难，乏力，或全身浮肿。

两者治疗方法不同，肥厚型心肌病现在治疗办法是可做局部消融，把肥厚心肌组织消融，减轻局部流出道梗阻。扩张型心肌病病人通过药物治疗，甚至可合并束支阻滞，QRS波较宽的病人可做起搏治疗，比如双心室起搏治疗或三腔起搏治疗，甚至最终做心脏移植。