肛周脓肿的原因主要是肛隐窝感染，占80%-90%，导致肛腺感染、括约肌间感染，形成肛周的脓肿。
因为此病多数都见于青壮年男性，据临床统计，男女的比例6:1。而女性的肛周脓肿，往往与外伤、感染有一定关系，因为肛裂，或者是因为生孩子时侧切，可以造成脓肿产生。
造成男性高发的可能是男性激素有重要的作用，可能到50-60岁以后，激素水平降低，再长肛周脓肿的机会就少了。还有一些脓肿是因为外伤造成，比如挤开塞露、鱼刺、鸡骨划伤直肠等，造成感染形成脓肿。
另外还有一部分脓肿是因为免疫力低下，或者是其它免疫功能的缺失等，比如艾滋病人免疫力低下，导致肛周脓肿。白血病人到后期很容易发生肛周的脓肿。
还有老年人因为各种原因抑制免疫，导致发生肛周脓肿的机会比较多，以上是比较少见的内在因素，多数情况下还是从隐窝感染，最后形成肛周间隙的脓肿。
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