子宫内膜异位症的病灶最常发生在卵巢上、腹膜上，具体如下：
1、腹膜：因为子宫内膜异位症平时的检查里，如果在腹膜上是查不到的。因为根本的原因、机理就是月经血回流，顺着输卵管到了腹腔里。平时B超有时照着的所谓盆腔积液，有时是月经血回流，这时里面有子宫的内膜，被带到腹腔里后，就有可能在腹膜上种植。在卵巢的表面种植，所以就形成了子宫内膜异位病灶，有很多腹膜种植型子宫内膜异位症；
2、卵巢：在日常工作中，比如有症状或者查体发现是以子宫内膜卵巢的内膜异位囊肿，也称为巧克力囊肿，发生率是最高的。这时B超因为有提示，会发现有巧克力囊肿，一般提示低密度影，其内有血凝块形成，像巧克力一样的颜色。B超能提示是卵巢巧克力囊肿，通常就是子宫内膜异位囊肿，这个发生率、在临床的检出率是最多的。
