甲状腺全切术的后遗症，无论是良性还是恶性，通常会出现甲减。所以需外源性补充左旋甲状腺素钠片，进行甲状腺素替代，一般需终身药物依赖。另外，可出现神经损伤，因为甲状腺周围有两个较重要的神经，如喉返神经，如果单侧损伤，可造成声音嘶哑。如果双侧损伤，则更加严重，部分病人可出现窒息，无法呼吸的情况，需进行气切治疗，一般对病人影响较大。
全切术双侧损伤喉返神经，部分病人可出现喉上神经损伤，构音声调变化，声音较低，发高音发不上去。除外，可出现甲状旁腺功能减退的可能性，主要是甲状旁腺被误切，或者功能受损引起低钙现象。目前因为甲状腺素有替代，但没有甲状旁腺素替代，所以需给病人长期补钙，甚至长期补充维生素D，促进骨钙的沉积吸收。
