甲状腺切除的后遗症主要为手术并发症，具体如下：

1、神经损伤：甲状腺前侧在气管前方，喉结下方，而喉返神经行走于气管食管沟。若喉返神经单侧损伤，可引起声音嘶哑，双侧损伤则可引起呼吸困难。此外，甲状腺上方有喉上神经，控制人体喉内感觉。若损伤喉上神经，患者术后可出现饮水呛咳；

2、甲状旁腺功能损伤：甲状腺背侧共有四个甲状旁腺，吸附在甲状腺腺体内，且控制人体钙磷代谢。因其血供来源于甲状腺，术中要求带血供的原位保留甲状旁腺。若甲状旁腺受损可引起术后甲状旁腺功能低下，引起低钙。患者低钙后可出现手脚发麻、抽筋，需要外源性的补充钙剂；

3、甲状腺功能丧失：甲状腺全切后，甲状腺功能丧失，需要外源性补充甲状腺激素。如果为良性肿瘤，补充激素达到人体需要即可。如果为恶性肿瘤，需要达到亚临床的甲亢状态，有助于抑制肿瘤的转移、复发。