胚胎发育不良大多数的情况下都是自身的受精卵、染色体或者是基因的疾病所致，在妊娠早期就发生了自然淘汰。在妊娠早期发生自然淘汰，大约有70%-80%是由于胚胎的染色体问题或者是由于基因的严重缺陷。导致胚胎发育不良的原因有很多种，包括母体的因素，也包括胚胎自身的因素，还有感染因素。

1、母体因素：大约有20%-30%胚胎发育不良是由于母体的因素，比如母体合并有一些比较严重的疾病，如心脏病、糖尿病、高血压等，在这样的状况下很有可能不利于胚胎的逐渐生长发育，在这个过程中容易增加怀孕早期流产的可能性。另外异位妊娠症的女性或者是合并有类风湿、系统性红斑狼疮等风湿免疫性疾病，包括抗磷脂综合征等，也会表现成在怀孕早期甚至是中期发生胚胎发育不良、胚胎停止发育，甚至出现了怀孕中期的时候胎死宫内的可能；

2、感染因素：有一部分胚胎发育不良可能是继发一些特殊的病原体感染，比如弓形虫的感染、风疹病毒感染、巨细胞病毒等，这一系列的病毒感染也都有可能会导致胚胎在发育的过程中出现自然的停止发育。

由此可见，胚胎发育不良的原因多种多样，当发生了胚胎停止发育的时候，需要根据每个人不同的病情来进行相应的检查，这样才能为后续的再次妊娠提供更好的诊断以及治疗的依据。