强直性脊柱炎患者往往因为腰背疼痛就诊，所以如果出现慢性腰背疼痛，需要和几个疾病进行鉴别。
1、强直性脊柱炎腰背疼痛往往是一种炎性腰背痛，久坐或休息时会加重，活动减轻，会出现夜间疼痛，部分患者会出现翻身困难。经过非甾体抗炎药治疗以后，会有明显改善，所以当有腰背疼痛的强直性脊柱炎患者来就诊时，需要和机械性腰背疼痛进行鉴别。所谓机械性腰背疼痛是指休息以后可以改善，而当负重时，或劳动、体力活动时，可以加重，所以和机械性腰背疼痛鉴别的疾病有腰椎间盘突出、腰肌劳损，休息以后可以减轻；
2、外周关节肿痛，例如膝关节和踝关节肿痛就诊，需要和类风湿关节炎鉴别。强直性脊柱炎患者一般类风湿因子为阴性，经常会累及手关节，但是强直性脊柱炎较少累及，最主要累及骶髂关节，强直性脊柱炎几乎所有患者骶髂关节会出现侵蚀或破坏，但类风湿关节炎很少有或较为轻微；
3、老年患者来讲，需要和弥漫性特发性骨肥厚症鉴别，是老年性退行性变，当遇到老年患者高度怀疑强直性脊柱炎时，需要做常规检查，包括血沉、C-反应蛋白以及人类白细胞抗原B27、腰椎X线片检查，有助于进行鉴别。