牙周炎主要由口腔内细菌感染引起，但不能完全将细菌杀死，所以需配合用漱口水消炎。口腔漱口水为0.12%-2%氯己定，如果对氯己定过敏，可以使用西吡氯铵或双氧水，即1%过氧化氢，对口腔内细菌有抑制作用。对在舌黏膜、颊黏膜，牙龈表面的细菌，可以起到抑制作用。

牙周袋较深时，漱口水无法发挥作用，需通过洁治、刮治、手术翻瓣去除。单纯依靠漱口水无法将牙周炎去除，虽然有抑制的作用，仅为辅助治疗。