肠道疾病是笼统称呼，肠道疾病最常见的为胃肠炎和细菌性痢疾，甚至病毒性感染导致结肠炎表现。这类表现主要是腹痛、发热、腹泻，大便性状改变，甚至出现黏液脓血便。药物治疗主要是对因治疗，针对病毒或细菌进行治疗。还有胃肠黏膜保护药治疗，可加用调节肠道菌群药物纠正肠道菌群失调。
还有炎症性肠病，炎症性肠病是自身免疫发病，症状主要是腹痛、腹泻，典型出现黏液脓血便，病情反复迁延。治疗主要以5-氨基水杨酸类药物，主要是美沙拉嗪。如果治疗效果不佳时，病情炎症没有明显控制，必要时进行激素治疗，甚至免疫抑制剂治疗。
肠道疾病除上述外，还包括器质性疾病，如息肉甚至肿瘤，通过结肠镜检查得到确诊，可考虑内镜下切除治疗，必要时需手术治疗。
