儿童房缺只要进行了开胸手术，肯定就会有相应的肺部并发症。因为必须要经过肺而到达心脏，肺可能会引起胸腔的病变。对有经验或者操作较多的医院和医生，此风险已经非常小。
如果能够通过血管进入而做房缺，相应的风险就更小。通过血管进入而做儿童房缺手术，有严格的适应证，并不是所有的房缺都适合微创的方法，即血管进入的方法做手术，只有部分病人适合。
还有一部分病人不适合血管进入，就必须去开胸，开胸就可能存在潜在的风险。但是现在的开胸方法，可以有正中开胸，也可以有右侧腋下小切口的开胸。实际上大量的病人，还是选择了右侧腋下的小切口。因为其隐蔽性和伤口的美观性，所以在临床的应用过程中，非常安全。
到现在，此类手术基本上成功率应该接近100%，没有相应的并发症和手术风险。
