睡醒咳嗽的原因较多，常见原因是慢性支气管炎、慢性阻塞性肺疾病、咳嗽变异性哮喘等，具体原因如下：

1、慢性支气管炎、慢性阻塞性肺疾病：患者睡眠中会分泌出分泌物，晨起睡醒时牵扯到分泌物排出，会出现晨起咳嗽、咳痰现象；

2、咳嗽变异性哮喘：通常是干咳，干咳不是指一点痰都没有，可以有痰，但每天痰液不超过10ml，通常表现为晨起阵发性咳嗽。如果出现上述情况，可能是咳嗽变异性哮喘。咳嗽变异性哮喘的典型特征是在夜间和凌晨咳嗽，晨起睡醒时出现咳嗽也比较常见。