根管治疗的过程当中，如果有器械有穿通透刺到肉的情况，一般在治疗结束之后，刺到肉的部位会有一定的创伤、渗出、不舒服，以及治疗后的疼痛。

通常分为两种情况，如果是穿通刺到肉，从正常的根尖孔或者是侧支根管，器械穿通出去刺到肉。将来如果有轻微的刺激后的反应，容易顺着根管进行引流出来，问题不大。但是还有另外一种情况，属于不正常的表现。从根尖孔或者侧支根管穿出去刺到肉，而是在根管预备的过程当中，器械发生了侧穿，即根管的半路刺穿。刺穿之后，在根管治疗的过程当中，器械就容易从侧穿的部位穿出去刺到肉。这种情况下，侧穿的部位可能形成炎性的病灶，而炎性的病灶有时在侧方，则不好引流出来。这种情况发生侧穿之后，将来可能导致根管治疗的失败。

如果是根管预备过程当中发生根管壁的侧穿，此时造成了刺到肉。如果是引起慢性炎症，可能不容易消退，还容易导致根管治疗的失败。如果是根管治疗过程当中，正常从根尖孔穿出或者从侧支根管穿出，刺激经过一段时间的恢复，应该问题不大。