一般情况下，肛瘘可能保守治疗以后，痊愈的可能性比较小，可能会反复发作。因为首先要看肛瘘形成原因，一般是肛周感染以后局部形成脓肿，破溃后在肛周皮肤和直肠黏膜的周围，直肠黏膜形成瘘管样的组织形成肛瘘。
如果肛瘘在急性期、感染期，可能局部肿胀、疼痛，同时形成脓肿。在慢性期或经过清洗，吃一些抗生素或输液控制感染后，可能局部感染症状消失，形成瘘管。瘘管会长期或间断地分泌一些分泌物，甚至有大便排出。此时在小儿抵抗力下降，或者局部黏膜皮肤破坏，或者瘘管堵塞以后，可能再次形成感染、复发。
肛瘘的保守治疗仅仅可能是将急性期肛瘘转变为慢性的窦道或瘘管，这时可能给下次复发埋下隐患。所以小儿肛瘘保守治疗是暂时性地缓解症状，很难治愈。因此肛瘘治疗一般采用挂线疗法，或者将肛瘘完整切除，将整个瘘管组织完整切除，可以达到治愈的目的。
