蛋白尿的分类大体分为5类，包括肾小球性蛋白尿、肾小管性蛋白尿、混合性蛋白尿、组织性蛋白尿、分泌性蛋白尿，通过蛋白尿分类，可以判断疾病来源。但这只是初步进行诊断，早期蛋白尿，当蛋白尿很少的时候，可以如此分类。

但当肾脏疾病进展到很严重的时候，如出现肾病综合征或者肾功能不全的时候，各种蛋白尿可以同时出现，所以如果疾病在早期可以进行相应的分类。而且现在进行分类的方法已经被新的方法所代替，也就是尿白蛋白/肌酐比值、尿白蛋白/肌酐比值，可以区分此种蛋白质是来源于肾小球，还是来源于肾小球以外的部分。

患者可以做尿轻链分析，如浆细胞病变造成肾脏损害，可以出现尿轻链蛋白增加。也可以进行尿中肾血管功能的测定，测定尿中的视黄醇结合蛋白、β2微球蛋白是否增高，属于反映肾小管和肾间质异常的指标。临床上判断蛋白尿分类的方法技术越来越先进，而原来的蛋白尿分类可能逐渐被放弃。