微小病变性肾病的病因和发病机制目前不完全清楚，可能和免疫介导的因素有一定关系。微小病变的主要情况就是表现为肾病综合征，在显微镜下往往看不到明确病变，只有在电镜下面才能看到足细胞的广泛损害。
通常认为病变发生原因和感染性疾病有关，但和感染性疾病没有因果关系，可能是感染性疾病启动了体内的免疫因素，导致抗原抗体复合物在肾脏沉积。另外有些抗原也可以直接在肾脏沉积，就有可能激活免疫反应，造成肾脏损伤，然后造成足细胞病变，病人出现肾病综合征，这是目前大致认为的发病机制。
另外，高血压、糖尿病等也有可能会增加肾小球囊内压，也有可能造成微小病变的发生，但是目前没有太多临床证据证明。所以目前造成微小病变性肾病的原因和机制并不清楚，推测可能与免疫性因素有较大关系，所以会给病人应用激素、免疫抑制剂进行治疗。
