明确导致胆管堵塞的具体原因，一般主要是通过影像学检查、肿瘤标志物检查、病理检查等。胆管堵塞常见于老年人，而老年人属于结石和肿瘤的高发人群，患者出现急性腹痛、发热、黄疸时，往往提示可能是结石掉入胆管堵塞引起。出现慢性、无痛、进行性加重的黄疸和胆管扩张时，则考虑肿瘤的概率更高。
影像学检查包括增强CT、增强核磁等，可观察胆管局部是否增厚、有软组织阴影、存在强化，此外判断周围淋巴结是否合并转移也较为重要。对于早期恶性肿瘤，难以通过影像学检查确诊时，可通过病理穿刺活检进行确诊。胆管堵塞出现肿瘤标志物CA199明显异常升高时，需高度怀疑胆管恶性肿瘤。
