膝关节囊肿首先要知道膝关节囊肿的来源和部位，如膝关节囊肿，半月板可以产生膝关节周围囊肿，膝关节后方也可以出现囊肿。所以首先要分清楚囊肿出现的原因，然后针对原因进行相应治疗。膝关节囊肿不需要特殊治疗，如腘窝囊肿，如果与关节腔相通，通常情况下，如果没有引起不舒服，或压迫到血管神经等症状，一般不做特殊处理。
对于与膝关节腔不相通的囊肿，如腱鞘、肌腱部位出现的囊肿，如果患者不适，如感觉压迫到血管神经，会有麻木感，或在蹲下时引起不舒服。在这种情况下，可以采用手术治疗，将囊肿进行切除，从而使患者达到比较好的功能改善。一般发生膝关节囊肿时，要求患者尽量少做剧烈运动，以避免囊肿进一步加重。
