肠镜检查时需要经肛门将肠镜插至回盲部，很多人都会觉得痛苦，但实际上并没有想象中那样痛苦。随着医疗技术的发展，目前肠镜可分为普通型和无痛型两种。普通型肠镜无需麻醉，会有轻微的腹部胀痛，但大部分人都可以耐受，但对于体型偏瘦，尤其有腹部或者盆腔手术史的患者而言，腹部胀痛会严重些；而无痛型则由麻醉师给患者实施全身麻醉，使患者在深睡眠状态下完成肠镜的检查，对检查过程的痛苦和不适，患者并不知晓。
肠镜检查一般需要10-30分钟，但因每个人的肠道走行不同，检查期间不可避免会引起不同程度的腹部不适甚至腹痛。如果遇到一些肠道走行比较复杂的患者(如腹部盆腔手术导致肠道粘连者)，内镜的难度会大大增加，操作时间也会延长，患者的腹部不适感更加明显。
此外，在全部的肠镜检查中，前期准备工作和检查之后都可能使患者感到些许不适。如检查前要在规定时间内禁食，且检查前一天晚上要口服泻剂以清洁肠道，可能会影响前一天的睡眠，给人带来一定的痛苦。该种情况可在检查后喝一些糖盐水防止虚脱，食用非刺激性食物，避免剧烈运动，以促进身体的恢复。
