重度脂肪肝的危害是非常严重的，重度脂肪肝的患者往往伴有脂肪性肝炎。非酒精性脂肪性肝炎患者，10-15年内肝硬化的发生率高达15%-25%。非酒精性脂肪性肝硬化多发生在65岁以上的老年人群中，其中40%-62%的人可能在5-7年内发生肝细胞癌。
长达20年的随访发现非酒精性脂肪性肝病患者肝细胞癌的患病率为0.5%，而非酒精性脂肪性肝炎患者肝细胞癌的患病率高达2.8%。肥胖症、代谢综合征和2型糖尿病是非酒精性脂肪性肝病患者发生肝细胞癌的帮凶。
非酒精性脂肪性肝病患者预期寿命缩短，主要死亡原因为心血管疾病和恶性肿瘤、肝硬化、肝癌、肝衰竭等。主要发生在非酒精性脂肪性肝炎，特别是合并糖尿病和进展性肝纤维化的患者中。
