目前认为十二指肠溃疡与遗传因素、胃酸分泌过多、黏膜屏障功能减弱、幽门螺杆菌感染、不良生活习惯及用药有关。因此首先建议改善生活方式，劳逸结合，避免应用刺激胃肠黏膜的药物。
另外，抑酸治疗对于十二指肠溃疡的治疗至关重要，其中包括H2受体拮抗剂，如法莫替丁片、盐酸雷尼替丁片等。质子泵抑制剂主要有奥美拉唑、兰索拉唑、泮托拉唑和雷贝拉唑等，抑酸治疗对于溃疡愈合、改善症状能够起良好的效果。
黏膜保护剂临床常用药有铝碳酸镁咀嚼片、替普瑞酮胶囊及中药制剂等。目前国内多采用常用四联法抗幽门螺杆菌，其中以阿莫西林、克拉霉素、铋剂和PPI相结合，10-14天的治疗方案为常用优选方案。
随着根除幽门螺杆菌治疗的开展，目前十二指肠溃疡的复发率和并发症发病率都有较明显的减少。
