巧克力囊肿的治疗包括药物治疗、中医治疗和手术治疗，患者需遵医嘱选择合适的治疗方式。

一、药物治疗

1、非甾体抗炎药：包括阿司匹林、对乙酰氨基酚、吲哚美辛、萘普生、萘普酮、双氯芬酸、布洛芬，俗称止痛药 ，该类药物具有抗炎、止痛、抗凝血等作用；

2、激素类药物：包括促性腺激素释放激素激动剂、口服避孕药、孕激素、孕激素受体拮抗剂、孕三烯酮等，主要用于术后延缓复发。

二、中医治疗

一般使用外敷药物进行治疗，采用“内病外治法”，引药归经可使药效直达病灶，从而起调节气血，消瘀散结，活血化瘀，通道全身的作用。

三、手术治疗

1、腹腔镜手术：腹腔镜手术是本病最佳的处理方法，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法。但腹腔镜手术的选择及效果在很大程度取决于设备、器械和手术者的经验及技巧。具体方式分为以下三类。

（1）保留生育功能的手术：主要适用于年轻、有生育要求的患者。手术切除病灶、分离粘连，但至少保留子宫、一侧或部分卵巢。但该方式复发率较高，建议患者术后尽早妊娠，或进行药物治疗减少复发。

（2）保留卵巢功能的手术：主要适用于Ⅲ、Ⅳ期患者，症状明显且无生育要求的45岁患者。手术切除病灶及子宫，保留至少一侧或部分卵巢。复发率较低。

（3）根治性手术：适用于45岁以上重症患者。切除病灶、子宫、双侧附件。术后若不服用雌激素，几乎完全不复发。

2、开腹手术：开腹手术可用于腹腔镜条件不具备或非常复杂的手术，如严重粘连和有多次手术史者。