精神障碍的病因，一方面考虑器质性，另一方面考虑功能性。在器质性方面，如脑器质性疾病所致的精神障碍，如脑肿瘤、脑血管性疾病、脑功能性的疾病、老年痴呆等等。躯体疾病所致的精神障碍，如某些内分泌性的疾病和代谢性的疾病、躯体感染，内脏器官性的疾病如红斑狼疮、恶性肿瘤等。还有像精神活性物质所致的精神障碍，包括长期的酒依赖以及中枢神经兴奋剂的滥用等。神经发育障碍等方面，如自闭症，还有精神障碍产生的病因是功能性的，如功能性的精神障碍，常见的临床上精神性的疾病，如精神分裂症等。