小儿脑炎有神经系统的症状和体征，加全身感染的症状，由于脑炎的部位和轻重程度差别很大，因此临床表现多种多样，且轻重不一，轻者1-2周恢复，重者可持续数周或数月，甚至致死、致残。症状有一般全身感染的症状，有发烧、头痛、上呼吸道感染的症状，精神不振、恶心、呕吐、腹痛和肌肉疼痛，神经系统的症状如下：
第一、颅内压增高，表现为头疼、呕吐、血压升高、心动过缓、患儿前囟饱满，炎症时可呈去脑强直状态，出现脑疝危及生命。
第二、意识障碍，轻者无意识障碍，重者可出现不同程度的意识障碍，精神症状和行为异常，少数患儿可以出现精神症状非常的突出。
第三、惊厥，常出现全身性和局灶性的抽搐。
第四、病理反射和脑门反射，脑膜刺激症均可呈阳性。
第五、局灶性的症状，如肢体的瘫痪失语、颅神经障碍等。一般以一侧大脑血管病变为主，可出现小儿急性的偏瘫，小脑受累明显可出现共济失调，脑干受累明显时可出现交叉性的偏瘫和中枢性的呼吸衰竭，后组颅神经受损明显病例，则可以出现吞咽困难、声音低微，基底神经节受累可明显出现手足徐动、舞蹈动作和流体痉挛。
第六、其他的症状，如单纯疱疹性脑炎可引起口唇和口角的疱疹。肠道病毒性脑炎，可引起心肌炎和各类不同类型的皮疹，腮腺炎性脑炎常伴有腮腺肿大。
