缺碘常见引起的疾病称为甲状腺功能减退，简称甲减。因为碘是甲状腺细胞合成所需的原料，碘缺乏过量会引起原料过少，体内甲状腺激素水平不足会引起甲状腺功能减退。但并不一定所有的甲状腺功能减退均是缺碘引起，碘过量时也会引起甲状腺功能减退。
缺碘并不一定会引起甲状腺功能变化，比如在50-60年代，是碘缺乏的年代，不常规在食盐中加碘时，绝大多数人群曾患有碘缺乏所引起大脖子病，对应检查显示甲状腺功能并非有异常。但通过增加碘摄入量，疾病可逐渐治愈。
因此，缺碘时需要进行甲状腺功能检查，并且进行甲状腺彩超检查，如果结果显示有缺碘引起甲状腺功能减退，则在补充碘原料时，还要进一步进行补充甲状腺激素水平的治疗。
