短期吃雌激素，如只是用药1-2周，对阴茎不会有太大影响。但如果长期服用雌激素，由于雌激素会对抗体内的雄激素，而阴茎的发育及维持要依靠雄激素，当体内的雄激素功能也随之减退，阴茎也会变得萎缩。
在临床上的表现，一方面是性欲减退、没有欲望；另一方面，阴茎勃起硬度也会变差，即俗称的阳痿。在泌尿外科临床上也有这样的实例，在20年前还没有较多治疗前列腺癌药物时，大剂量雌激素曾被用于治疗男性前列腺肿瘤。
临床上有这样的报告，常年吃雌激素会导致阴茎萎缩、阴茎退化。所以如果患者希望保留性功能，一定不能长时间吃雌激素，否则不仅影响性欲，还会造成阴茎退化、勃起硬度不够，无法正常完成性生活。
