孤独症的原因，目前还不是很清楚，关于病因学仍在探讨中，通常认为是遗传因素和环境因素相互结合，导致孤独症的发生，其常见原因如下：
1、遗传因素：孤独症是脑发育异常的疾病，在疾病分类学里面，将孤独症分到神经发育异常类目，而发生过程中最主要的因素是遗传因素；
2、环境因素：可能与脑内的神经递质有关，出现重要神经代谢递质的异常紊乱，也可能是脑的结构与功能异常，或者与免疫因素有关。还可能和母亲在怀孕、生产中的不利因素有关系，比如母亲在怀孕时吸烟或不良接触，比如射线等，怀孕期间有病毒感染，以及生育过程中有新生儿的窒息、胎儿的胎粪吸入、产位不正等。
