靶向治疗基因检测，根据不同组织、不同器官的特异性肿瘤，基因涉及检测项目也有所差别。在检测过程中，基因可能涉及PCR方法，部分在蛋白水平上通过免疫组化方法进行检测，部分应用检测KARS基因的扩增办法，部分基因涉及，可能会使用二代测序敏感性更高的方法，临床上根据不同基因检测需求，而采用不同检测方法。
目前针对不同病理类型的肿瘤，基因检测完全不同。针对晚期肺腺癌，基因检测通常用到EGFR、ALK、ROS1、RET、MET、BRAF、NTRK等驱动基因改变，可以用到PCR、免疫组化，也可以用到二代测序方法。
针对女性乳腺癌，主要进行HER-2基因过表达以及扩增办法，有时也通过免疫组化，或进一步通过FISH方法验证。除此以外，肠癌以及黑色素瘤针对靶基因检测，在临床上均有不同方法。
