肛周脓肿手术与痔疮的手术又不太一样，因为肛周脓肿的患者，初期的症状就是肛门疼痛比较剧烈，手术以后，觉得脓腔打开以后，脓液都排出来，没有胀痛感，反而觉得人会很轻松，而且初期的创面还都是一些腐烂，有些坏死的组织，所以病人初期的疼痛反而觉得比痔疮、肛瘘手术的疼痛要轻微一些。
但待腐烂坏死组织逐渐干净，新鲜的肉芽生长出来，末梢神经恢复以后，疼痛才慢慢的体现出来，不过真正的疼痛期应该在五天以后，换药的时候，疼痛反而比开始出现的疼痛会加重一些，但是这是个正常反应，而且肛周脓肿术后排便时候的疼痛，相对于痔疮的病人要好很多。
因为痔疮的病人，整个肛管周围几乎都是伤口，排便的张力刺激疼痛较剧烈。而肛周脓肿是一个侧面的伤口，因为切开以后肛管也切开了，排便对病人的刺激性反而不是那么大，排便的痛苦反而要好一些，主要的疼痛在于换药。
