胃肠间质瘤是源于胃肠道未定向分化的间质细胞，是一种间叶组织来源肿瘤。所有这部分间叶组织来源的肿瘤应该都有复发转移的倾向和可能，因此在本质上仍然是属于恶性肿瘤。
但是值得注意的是对于胃肠间质瘤来讲，根据肿瘤大小病理结果中不同的核分裂，把这种间质瘤从极低危险、低危、中危、高危进行不同危险度的等级排列。
如果对于极低危和低危患者手术以后的复发转移概率相对比较小，与此同时此部分患者在手术以后只需要进行密切随访即可。
但是对于部分中危或者高危的患者，如果在基因诊断明确的前提下，还是需要给予进行一些靶向药物的辅助治疗，才能确保患者长期的生存。
因此对于间质瘤从根本上讲其实还是一种恶性肿瘤，需要根据不同的病理检查结果判断预后。
