由于房间隔缺损会影响生长发育，可能出现心律失常、右心功能不全、肺动脉高压，最终导致充血性心力衰竭等症状，所以应该积极治疗，可通过手术或介入关闭房间隔缺损。手术指在低温麻醉下借助人工心肺机进行体外循环，将血引到体外可以使心脏看到无血术野，暂时中断心脏血流，找到缺损进行缝合修补。
另一种方法是通过心导管进行介入治疗，利用特殊堵塞装置在影像设备引导和监视下将缺损封闭。介入治疗与外科手术相比具有方法简单、创伤小、恢复快等优点。但介入治疗存在一定条件要求，如房间隔缺损位置需为中央型，边缘距离充分。手术和介入治疗效果相同，术后患者生活质量良好。
