和大多数恶性肿瘤类似，肾盂癌的确切病因目前尚不清楚，近10年来的肿瘤流行病学显示以下几个因素可能与肾盂癌的发病有关：
1、遗传因素：临床发现肾癌有一定的家族聚集现象，但一定是一个多基因相关的致病情况，因为目前没有发现具体哪些基因突变会导致肾盂癌；
2、职业暴露：目前的研究表明，比如从事化工、颜料行业的从业人员，肾盂癌的发病率显著上升；
3、中药因素：在中国，肾盂癌有一些特定的原因，比如长期服用的中药中含有马兜铃酸，可能会造成肾功能不全，同时会造成包括肾盂癌在内的上尿路移行细胞癌的发病率上升。这是因为马兜铃酸在体内代谢后，会形成一些含硝基的物质，这是一种高致癌物，因此在用药中一定要注意；
4、肾盂疾病：肾盂癌还有一些和肾盂内的慢性感染、结石有关。
