经皮肾镜碎石对肾脏有一定的伤害，所谓经皮肾镜碎石要在腰部做一个小切口，从洞内通过皮肤，一直到肾脏、肾盂建立起通道，即经皮到肾盂的通道。在通道内放入经皮肾镜，有微创肾镜，即小通道肾镜，也有常规通道肾镜。根据通道粗细，对肾脏的损伤程度也不同。
但对肾脏本身，如果做经皮肾镜通道，对肾脏仍有一定的伤害作用。但这些伤害对肾脏本身并不是特别大，也有少数患者在肾脏穿刺以后会有血尿，有一定损伤。因此经皮肾镜本身，相对于之前的开放性大手术，对肾脏本身创伤比较小，但仍有一定的创伤性。因此进行经皮肾镜之后，不建议患者过于积极活动，有些患者会有血尿的情况，少数患者会因为血尿而再去做止血治疗。
