双歧杆菌属于益生菌，相对而言副作用比较少，可以进行较长时间的服用，但是并不建议一直长期的服用，因为药物的服用，还是应该根据患者病情以及病程长短来决定。
双歧杆菌主要用于肠功能的紊乱以及肠道的菌群失调，对于老年人，如果出现反复的腹泻，特别是用了抗生素以后出现这样的症状，考虑存在肠道菌群的失调，建议适当的运用双歧杆菌。如果腹泻停止，可以在腹泻停止以后，再运用3-5天即可。
对于慢性肠炎，比如溃疡性结肠炎的患者，有的时候加用双歧杆菌，对疾病有辅助的作用。但是如果一旦溃疡性结肠炎，从急性期变成缓解期，首先停用的药物也可以是双歧杆菌。
其他的一些，比如5-氨基水杨酸类的药物或者免疫抑制剂，这种药物对于溃疡性结肠炎的患者，需要在医生的指导下，长期甚至终身的服用。总而言之，双歧杆菌长时间的运用，副作用比较少，但是也应该根据患者的病情以及症状，及时的停用药物。
