针灸具有疏通经络、调和阴阳、扶正祛邪的作用，而穴位都具有良性双向调节的作用，医者通过辨证以后选择适当的穴位进行针刺、艾灸治疗。所以任何一种疗法在使用不当时都不好。但是针灸手法如果运用得当，掌握其安全的操作问题，针灸基本上没有太大的副作用。因为针灸现在主要是称为是绿色疗法，所以针灸是没有太大副作用。现在临床上往往认为针灸的副作用指针感，也就是常出现的得气感，酸、麻、胀、痛，甚至有的针感是持续2-3个小时，或者是持续半天左右。
所认为的针灸的副作用其实不是针灸的副作用，这个是针灸的疗效，针感越强，证明疗效越好。另外因为现在针灸基本上是不锈钢做成，或者是金针做成，有一些对金属或者是金银过敏的患者，临床上如果是在用针灸治疗以后，往往会出现红点或者是疙瘩，会出现这一类过敏症状，该部分患者不适合针灸治疗。
