脑血栓后遗症腿疼，可根据不同的原因，选择合适的药物进行治疗。
1、肌肉松弛的药物：有些是因为运动传导束，也就是锥体束的损害，会造成肌肉的张力过高。如果患者没有坚持锻炼，肌肉的挛缩会加重，就会引起患者肌肉的疼痛。康复治疗还有理疗，都有助于缓解疼痛。在药物治疗方面，可以服用中枢性的肌肉松弛的药物，如巴鲁芬或者替扎尼定，或者乙哌立松等药物，适合于脑血栓引起的肌肉痉挛造成的疼痛；
2、止痛药：脑血栓后遗症的腿疼，还可能是由于锻炼的方法不正确，造成患者腿部软组织的损伤，还有关节的疼痛。这种情况可以服用的药物有布洛芬等这类的非甾体类的止痛药物，或者可以外用的药膏等来缓解疼痛；
3、营养神经的药物：如果伴有糖尿病的脑梗患者，有可能是合并有糖尿病性的周围神经病，周围神经疾病也会引起疼痛。对这样的疼痛，可以服用像依帕司他或者神经营养药物，包括维生素B1、甲钴胺等。
