超声检查通常不会把肝癌误诊成为肝囊肿，肝癌和肝囊肿属于两种完全不同的疾病，肝癌是恶性肿瘤，肝囊肿是良性疾病。肝癌在超声表现为实性占位，可以为混杂回声、高回声、低回声，而囊肿则是一包液体，包膜比较薄，内部是均匀的液体结构，超声表现是圆形或类圆形的无回声结构，壁非常薄。所以肝癌和肝囊肿在超声上存在着很大的区别，通常不会误诊。
在极少数情况之下，肝癌较大，内部出现坏死、液化，或是合并有感染，容易和肝脓肿相混淆。非常早期的不典型病灶，也可能和良性肝脏实性疾病相混淆，但通常不会被误诊成为肝囊肿。对于患有慢性肝病，特别是病毒性肝炎、肝硬化、长期饮酒，以及有家族肝癌病史的人群，如果体检超声发现有肝脏占位，需要进一步检查，以排除肝癌的可能。
