肝癌误诊几率较小，尤其对于晚期肝癌患者，通常影像学已经可以确诊，多数未必需要通过病理学诊断，可以根据患者既往临床病史，有无合并肝炎病毒感染、长期饮酒和肝硬化，再通过肿瘤标志物甲胎蛋白检查，配合影像学增强CT及增强核磁，基本可以进行临床确诊。部分小肝癌、早期肝癌或不典型肝癌易与其他肝脏良性占位性疾病混淆。
对于确诊肝癌患者，更重要的是避免将肝癌误诊成为良性疾病延误诊断，患者需根据肿瘤临床分期尽快采取相应治疗，辗转于不同医院重复检查，反而不利于疾病控制，可能延误疾病治疗。对于不确定或无法确诊的肝癌，必要时可通过进一步影像学检查，包括全身PET-CT或肿瘤穿刺活检检查，以鉴别原发性及转移性。
