卵巢囊肿良恶性主要通过临床表现和临床体征辅助检查进行区分。良性较小的卵巢囊肿一般无临床表现，一般通过去医院普查发现，较大的囊肿在晨起时摸腹部会有包块，一般不会出现消瘦症状。恶性卵巢囊肿患者主要临床表现腹胀，同时出现消瘦症状，短时间内体重下降较快，较大的囊肿也能摸到包块，主要表现为肚子胀。

良性囊肿主要通过B超检查提示囊肿是良性的，提示囊肿是囊性的且血流信号较差，但恶性肿瘤血流信号特别丰富且囊肿不是囊性，主要表现为囊实性。除B超外可以检查肿瘤标志物，良性肿瘤的肿瘤标志物都在正常范围内，但恶性肿瘤其肿瘤标志物升高，特别是卵巢恶性肿瘤标志物，如CA12-5、CA19-9、AFP等。由于卵巢囊肿的生长部位深，生长部位隐匿，如果患者进行血液检查时肿瘤标志物升高，检查发现卵巢肿物时应定期复查，及时到正规医院妇科就诊，长时间的良性肿物也有恶变的可能。